故事发生在近未来的日本，政府设立了一块拥有治外法权的特殊地区专门有安置穷凶极恶的罪犯。在这块地区中有一所名为“天堂学园”的中学，孤独的少女亚马尻菊之助是那里的学生，她失去了关于过去的一切记忆。有时，菊之助会在梦中看见父亲…

迪迦离开后的第8年-2017年。主人公·飞鸟信的父亲·飞鸟一马，是在光中消失的宇航飞行员。当时的飞鸟还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。飞鸟长大后，加入了地球和平联合组织TPC，在一次模拟战争中一…

因为战败而遭到幻神星人[娜伦]所封印的哈迪斯大帝,于450年后的现代再度复活,为了支配全宇宙,其手下佐拉博士派遣机动骑士与宇宙巨兽攻击地球.然而在此同时,幻星神兽雷零守亦因此觉醒,而原来平凡的高中生[伊达翔太],就读京南大学的[平贺真…

超古代的地球曾经拥有相当高度的文明，但宇宙联盟奥可夫·马纳夫担心人类文明会破坏宇宙的和平，所以出动大军将人类文明彻底消灭。时至现代，地球上已经筑起了新的文明，但宇宙联盟的威胁亦再次出现。为了人类的未来，凭借超古代文明而觉…