Super GUTS和戴拿奥特曼都在战斗中落了下风。千钧一发之际，TPC极密制造的战舰普罗米修斯号出现，救下了戴拿。几天后，在克利欧莫斯岛召开了普罗米修斯的说明会。Super GUTS前去参加，见到了开发负责人如月泪博士。普罗米修斯号是靠人类…

迪迦离开后的第8年-2017年。主人公·飞鸟信的父亲·飞鸟一马，是在光中消失的宇航飞行员。当时的飞鸟还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。飞鸟长大后，加入了地球和平联合组织TPC，在一次模拟战争中一…

经历了迪迦奥特曼与正义的人类拯救地球后的时期，人类的文明与科技走向了广阔的宇宙。新领域时代的开启加速了人类对未知世界的开拓。可是，一些新的邪恶力量也在这时向光明的世界展开了反扑。寂静的星空再度被打破，人类又一次面临危机。…