故事开始的5年前、神隠岛的全体居民因为异常的不可抗拒因素突然全部死亡，唯一的幸存者是年幼的本作故事的主人公若竹玛丽（若竹マリ），她也因为巨大的刺激而丧失了记忆。从小受独立教育，并被祖母抚养大的玛丽，因为祖母的身体状况不佳…

神秘的怪兽突然出现在现代并袭击人类，而人类只能被它们恣意翻弄，为了查明真相，科学家番场宗介以“影鳄”这一关键字开始了追寻……