名侦探柯南真人版再次复活！不过这次上场的是变身为柯南前三个月的工藤新一的故事。爱好推理的高中生工藤新一（沟端淳平饰）和其青梅竹马毛利兰（忽那汐里饰）一直过着紧张又不失甜蜜的生活。这天，新一却收到了疑似来自他的粉丝的挑战书…

故事发生在一间位于横滨的侦探事务所里，破败的装潢，惨淡的生意，一切的一切都显示着这间名为“福尔摩斯”的侦探事务所已经时日无多。见习侦探野田凉介（森田刚 饰）和其助手出水京子（市川实日子 饰）是目前所里仅剩的两位员工，在这样…

在青梅竹马小兰（忽那汐里 饰）的鼓动下，工藤新一（溝端淳平 饰）半推半就乘上飞往京都的飞机，去观摩正在那里拍摄时代剧的毛利小五郎（陈内孝则 饰）的表演。飞行途中，名叫大鹰和洋（波冈一喜 饰）的摄影师陈尸洗手间，引起乘务组的恐…