《仙剑奇侠传三》故事发生在《仙剑》第一代的五十年前，那时候，李三思刚刚发出赤子的第一声啼哭；巫后还是襁褓中的婴儿，而剑圣，则还没有拜入蜀山修仙……　事情的起因是从锁妖塔顶端突然坍塌，封印被解除开始的，但是，更深层的因果却…

　　华山派大弟子令狐冲生性豁达不羁，初入华山武功平凡，后遇高人授以“独孤九剑”，更意外取得五岳各派剑法精髓，因而引致师父岳不群的猜疑，借口逐出师门。其实岳不群表面正直，内里奸诈，为独得旷世秘笈“葵花宝典”，竟设计谋令武林…