《干支魂》是以十二生肖以及猫化的美少女们为故事主轴，描述拥有动物姿态、被干支神选上的使者“干支娘”们，将会透过每60年一次的干支神选拔赛“ETM 12”选出守护日本的神圣代表。而今年的她们为了成为干支神而聚集在秋叶原。在这之中，…

原来在凯普莱特家族的统治下，神秘的力量庇佑着这片繁华的大地，但是14年前蒙太古的叛乱早就让这份平和烟消云散，而剩下的是在暴君的苛捐杂税之下逐渐拉开的贫富差距。树木枯萎、大地干涸、空气在浓雾的包围下更显浑浊，悲惨的爱情物语就…