2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅与生化人草薙素子在真室中佐…

2016年3月《刀剑乱舞-花丸-》电视动画化消息公布，由动画工房担当动画制作。