2006年，为配合NDS版（钻石、珍珠版）的上市，TV动画同步推出全新系列《神奇宝贝钻石&珍珠》（Pokémon Diamond & Pearl，简称DP）。对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆，小…

故事发生在古老和繁华并存的京都，矢泽信之（杉田智和配音）所经营的居酒屋阿信坐落在此处，千佳忍（三森铃子配音）是在店内工作的服务生，两人的搭档行事十分默契。让他们没有想到的是，不知从什么时候起，阿信的大门竟然连接上了异世界…

真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩…