真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩…

主要剧情是讲立志成为神奇宝贝大师的小智，和皮卡丘一起踏上旅途。一路上，小智邂逅了不少同伴，劲敌，好友，和他们展开了一次又一次冒险。本次的故事发生在全新的冒险舞台——"合众地方"。其蓝本是第五代游戏（神奇宝贝黑白）…

在伊苏地区旅行的小智，一个接一个遇到新的Pokemon们以及全新的口袋妖怪训练师们。以从未有过的速度展开Pokemon训练师之间的对战，新加入的伙伴们陆续登场，还有从不认输的皮卡丘带来的新的变化，Pokemon的终极进化！你从未见过的Poc…

这个星球上生活着不可思议的生物“Pocket monster（宠物小精灵） ”，简称“pokemon（小精灵）”。现在开始讲述少年“小智”和宠物小精灵们的相遇、冒险和战斗经历的故事。立志成为小精灵训练大师的小智，胸中怀着新的理想，带着皮卡丘终…

小智一行来到了全新的阿罗拉大陆,迎接小智的是全新的冒险与挑战!究竟这里的精灵和别的地方有什么不一样呢?造成这样的原因又是什么呢?

心中怀着新的理想告别了合众地方的同伴天桐和艾莉丝，立志成为宝可梦大师的小智带着皮卡丘来到了卡洛斯地方，在卡洛斯地方与新认识的旅行伙伴莎莉娜，希特隆，柚丽嘉三人和新的宝可梦相遇的冒险故事。在寻找新的宝可梦以及新的邂逅的道路…

与《神奇宝贝剧场版 2013:神速的盖诺赛克特 超梦觉醒》同期上映，讲述了关于皮卡丘的小故事。

小智、皮卡丘、长尾怪手终于到达神奥地方。小智在打电话给大木博士的途中遇到了火箭队的突袭而同皮卡丘失散，便与长尾怪手立刻出发寻找皮卡丘的身影；另一方面，新人训练家小光的妈妈彩子曾是顶尖协调训练家，小光亦想成为顶尖协调训练家…