在《Fate/Zero》中，与征服王伊斯坎达尔一同跨越了第四次圣杯战争的少年，韦伯·维尔维特。时光流转，少年继承了君主·埃尔梅罗的称号，以君主·埃尔梅罗Ⅱ世的身份，在魔术师们的总部·时钟塔面临了各种充满神秘的事件——

不明白与人恋爱的心情，为此感到烦恼的小糸侑，在初中毕业时被要好的男生告白，却无法给予回应。 她在此时邂逅的学生会成员七海灯子，不论被谁告白，都无法喜欢上对方。 与灯子感到共鸣的侑，将自己的烦恼坦诚相告，却反而从灯子那里听到…

人，用自己的双手创造了众多的故事。喜悦，悲伤，愤怒，感动。故事会使人的感情动摇，让人着迷。然而，这只是作为一个旁观者的感情。如果，故事中的登场人物们有了自己的“思想”，那么对他们来说，创造出这些故事的我们会是神一样的存在…