中年男子杉山正平（役所广司饰）是名普通的上班族，他工作认真，事业有成，却发觉朝九晚五的生活空虚无味。一天下班，疲劳的杉山偶然透过车窗看到车站对面，一家贴有“岸川舞蹈学校”字样的楼房窗旁，有一位相貌清秀女子的身影，看着那女…

接续前作《哥吉拉X机械哥吉拉》的故事，一年前与哥吉拉的决战，机龙受损程度37%，失去了右腕及终极武器——绝对零度炮。维修组员中条义人在八王子基地负责修复机龙的工作。某日中条在他叔叔信一的别墅家渡假时，婴儿岛的小美人精灵竟然出…