时间已经过去了七年，外星怪兽已经冲破了禁区封锁，拓展到世界各地。人类不再处于地球食物链的顶端，不得不为生存而挣扎。为了保护美国的利益，很多士兵被派往了国外与外星怪兽作战，但取得这场战争的胜利希望渺茫。

贵族少爷杜维爱上了一个漂亮女孩，却始终没有勇气向她表白。一天，杜维在花园里遇到了同样貌美如花的女仆，在女仆向他述说完自己的遭遇后，杜维给了她一个安慰的拥抱。不幸的是，杜维暗恋的女孩此时恰好经过花园目睹了这一幕，误以为杜维…

邪恶的可汗逃脱十五年前被寇克船长拘禁的星球，他本人是一位智勇双全的领袖，但此刻已变成一个邪恶的狂人，他誓言要向寇克船长讨回血仇。于是他先劫持了一艘联邦战舰，后又偷取了寇克船长的儿子和旧制造的毁灭武器。并引诱企业号投入他精…