一個被父母拋棄由阿公帶大的阿國，常自嘲自己就像是另類孤兒，甚至就像是被遺忘的失物；在阿公過世後，親生父親阿龍乍然出現，還死纏爛打著阿國不放，父子倆就此展開了甩不開彼此的糾纏…。

该作为此前『机动战士高达UC』的续篇，故事讲述了『高达UC』后一年，超越人类智慧和力量的独角兽和报丧女妖渐渐被人们遗忘，而这时独角兽三号机同为RX-0的机体菲尼克斯在地球圈出现…

　30岁的单身男子河地大吉收到祖父的死讯而前往祖父家，在那里他遇见了一名6岁的少女。少女名叫鹿贺凛，是祖父的私生女，即是大吉的姑姑！！对于亲戚们希望将她送往收养所的意见，大吉表示了反对，并提出要收养她，于是两人的同居生活开…

U.C.0097时期，“拉普拉斯事变”的纷争终结后，2架独角兽高达被秘密封印，新吉翁残党“袖章”也随之瓦解。就在人类逐渐走出战争带来的阴影之时，失踪两年的独角兽三号机“凤凰”突然现身，拥有颠覆世界秩序力量的它即刻引发了地球联邦军…

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