1555年，时为战国时代。有位青年怀抱着远大的梦想，被人称作大傻瓜的他正是后来的织田信长。有一位仰慕着青年的少女，被信长的梦想所吸引的她笑着说道“我要成为信长大人的忍者！”目标只有一个，那就是天下布武！

武艺高强的吴大师秘密训练了4位擅长幻影旋转术的幻影忍者，他们正在寻找4件威力无比的黄金幻影武器，以维护世界和平。邪恶魔王加满都和他的骷髅军团紧随其后，企图夺走武器并作恶世界。勇敢的幻影忍者们踏上征途、一路战斗、征服神龙穿行…

该动画讲述的是由4只基因突变的乌龟所组成的忍者团体，并得到斯普林特师父的忍术训练和指导的故事。他们住在纽约曼哈顿的下水道，夜间出动，打击街头犯罪、邪恶势力和外星入侵，同时他们始终和外界社会保持距离。

武艺高强的吴大师秘密训练了4位擅长幻影旋转术的幻影忍者，他们正在寻找4件威力无比的黄金幻影武器，以维护世界和平。邪恶魔王加满都和他的骷髅军团紧随其后，企图夺走武器并作恶世界。勇敢的幻影忍者们踏上征途、一路战斗、征服神龙穿行…

1555年，时为战国时代。有位青年怀抱着远大的梦想，被人称作大傻瓜的他正是后来的织田信长。有一位仰慕着青年的少女，被信长的梦想所吸引的她笑着说道“我要成为信长大人的忍者！”目标只有一个，那就是天下布武！

将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！ 这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西…

一个忍者的世界，故事从主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，他的父母为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。好在还是有依鲁卡老师的关心，鸣人的性格才没有…

故事发生在田园风景广袤幽静的彼端，某地的小城。莲见雄一(市原隼人饰)和他的母亲，继父和继父带来的弟弟共同生活，同班的星野修介(忍成修吾饰)和他同在剑道部社团，两人是要好的朋友。暑假时，两人还随同社团一起去冲绳旅游。可是，他们…